小智（松本梨花 配音）带着皮卡丘（大谷育江 配音），青青和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上，青青一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴（钉宫理惠 配音）的少女麦亚丽（中川翔子 配音）。胡巴能够制造出神奇的时空圆环，带领大家在不同的地点来回穿梭。地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
回复 :经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。同一时间里施莱德残忍的杀害了身在美国的守护者滨户良大师，所谓守护者是地球上崇拜并保护阿特姆流亡者的战士，因为滨户良在此之前曾经几次请求讨伐过天狗施莱德的五龙忍者裁判所帮忙打败这名阿特姆施莱德，但是裁判所表示他们只关心被封印起来的天狗，认为这是施莱德个冒牌货，所以没有必要与其一般见识。这一情况惹恼了阿特姆施莱德，之后因为朋友的背叛，滨户良随阿特姆流亡者们转移逃离了日本，但终究还是在美国被杀害了。侥幸逃脱的滨户良的宠物鼠斯普林特意外的与另外四只乌龟在纽约下水道沾染上了由阿特姆所制作的变异液体，变成了接近人形的变异生物，也就诞生了新一代的忍者神龟，斯普林特开始训练这些乌龟们滨户良留下的忍者功夫和知识，希望有朝一日能为自己的主人复仇。2003年的某一天，已经长大并初露锋芒的忍者神龟们终于遇到了他们的宿敌，施莱德试图拉拢神龟之一的李奥纳多为自己服务，但是惨遭失败，露出邪恶本性的阿特姆施莱德与神龟们开始了第一战，最后在斯普林特出手帮助下众人合力将其击退。过了一段日子，施莱德展开了复仇，并将李奥打成重伤，在朋友帮助下逃过，休养生息后神龟们返回纽约与施莱德展开第二次较量，最终施莱德被李奥用腾古之剑砍下脑袋，但是我们知道这只是他的机器外壳，而神龟们的代价则是失去了他们的父亲:斯普林特的踪迹……为了寻找失踪的父亲，神龟们结识了阿特姆流亡者一族并且了解了他们的历史，但是就在这时，施莱德再度出现了，一番大战后，施莱德露出了他的真面目，眼见阿特姆一族利用传送门逃离地球，千年的复仇计划毁于一旦，施莱德气急败坏的要与神龟们同归于尽，而最终神龟们利用传送门逃生，施莱德则在一片爆炸声中消失了踪迹……
回复 :西历2019年，日本的改元在即。 突然出现在上空的异次元裂缝。那里有天地逆转的异世界“真国日本”。 维持着过去的军国主义——永世持续昭和时代的平行世界使用使现行兵器无效的煤气兵器“幻雾”和巨大人形兵器“伽蓝”，对我们的日本进行军事侵略。瞬间掌握政府，实现事实上的征服。 我们没有迎来“令和”的时代…… ——十年后。作为真国的附属国脱胎换骨了的幻国·日本。 在严格的审查中，曾经盛极一时的漫画、动画、偶像等亚文化已经完全灭绝了。 但是，死宅仍未灭亡！ 为了保护亚文化，存在着一个与真国针锋相对的集团。 这个集团是秘密结社“阿拉巴基”。主力兵器“伽蓝达尔”和成为其动力源而战斗的少女们。 人们称她们为电池少女……
回复 :鈴木央のマンガをもとに、7人の大罪人により結成された“七つの大罪”が世界の危機に立ち向かう姿を描く本シリーズ。劇場版第1弾と同じく、鈴木による完全新作オリジナルストーリーをアニメ化した本作では、テレビアニメから続く“最終章のその先”が描かれる。
