故事发生在一个虚构的世界“庭园”之中，国产神秘的力量令一部分的人类获得了特异功能，国产“圣战天使”是传说中早已经失落的种族，他们能够变身成为超强的武器，通过和人类的合作进行战斗，如今，这一种族竟然渐渐开始了复苏。库（石田彰 配音）是一位平凡而又善良的少年，某日，他邂逅了名叫蕾（高桥美佳子 配音）的神秘女孩，原来，蕾正是“圣战天使”中的一员，她请求库带她重回圣地“艾迪鲁庭园”，就这样，难辞其咎的库和蕾踏上了旅途。个性开朗活泼可爱的西斯卡（水树奈奈 配音）、温文尔雅的龙威（上田祐司 配音）、成熟温柔的奇雅（铃木菜穗子 配音），三人来自于专门保护圣战天使的完全保护会，他们亦加入了库和蕾的队伍中去。
回复 :柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。
回复 :故事发生在东京八丈岛近海，一座将全球各地警方监控相连接的高科技设施——“太平洋浮标”即将启动。为了与欧洲刑警组织管辖的范围联网，来自世界各地的工程师聚集在这里。基于人脸识别的全新“黑科技”也正在测试中……与此同时，柯南一行人前往八丈岛观鲸，途中柯南接到冲矢昴（赤井秀一）的电话，被告知欧洲刑警组织成员在德国遭到琴酒的杀害。为调查真相的柯南潜入“太平洋浮标”。正当工程师们正在为系统启动而展开准备工作时，一桩案件突然发生！一名女工程师被黑暗组织绑架，她手中存有核心技术的U盘也落入了黑暗组织手中！此时，水下传来未知潜水艇逼近的声音，令人毛骨悚然，一个神秘的黑影也正在悄悄接近灰原哀……
回复 :洛小熠、欧阳零、路子涛、玫等人怀抱着各自的愿望来到了俢爵岛，参加了龙骑战轮大赛。