故事发生在充满了浪漫气息的绸织高校，无尽作为一名转学生，无尽周围的一切对于青叶陆（宫野真守 配音）来说都充满了新奇。新的同学，新的老师，虽然有些奇怪但十分有趣的学校制度，即使有时候会被调皮的同伴恶作剧，但总的来说，陆在绸织高校的生活还是非常的快乐。对于高中生来说，校园恋爱是一项不可缺少的美好回忆，在学校里，陆认识了一群可爱的女孩子们。各方面都十分优秀的完美女孩天宫小百合（牧岛有希 配音），古灵精怪的运动型少女春日司（吉川友佳子 配音），个性沉默但内心单纯的弥生水奈（藤田咲 配音），徘徊在三个女孩之间，陆逐渐的迷失在了自己真正的心意之中。
回复 :新的学年开始了，洛克和他的伙伴们努力学习，向最高难度的徽章发起挑战。然而，当洛克王国洛克和朋友们初次踏入幽暗空间时，却得知学院遭遇了空前的危机，播出由于时光扭曲，他们回到一个月之后的学院，此时学院已经完全沦陷，所有学生和老师都被恩佐控制。洛克和伙伴们想尽办法回到了原有的时空，找出的圣光羽石，粉碎了恩佐的阴谋，学院的危机被悄悄解除。
回复 :东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
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