剧情将回到2006年，免费白宫发现总统的机密文件遭到骇客入侵而召来了里昂所带领的特工团队，免费在搜查期间却突然停电，并遇到了丧尸袭击。另一方面，TerraSave员工克莱尔在某个国家支持难民时，从一名患有失语症的少年手中获得了一幅看似有人感染病毒的画，并以此为展开调查。 翌日，克莱尔为了修建福利设施的议题前往白宫，巧遇里昂并将少年的画展示给他看。尽管里昂认为白宫的丧尸事件和那幅奇怪的画有关联，克莱尔却持相反意见径自离去。两个遥远国家所爆发的丧尸事件，最终将发展成动摇国家的事态。
回复 :大陆历一六零四年，在菲尔毕斯特大陆实际已经延续了三世纪的战国时代以北方霸主贾兹帝国的崩坏迎来了终结。投入的兵力包括正规的骑士及士兵，魔法师及乱破师，佣兵团在内实际六十二万，还包括航天要塞三座在内的大量魔法兵器，弃兽兵团，天龙骑兵队等特殊战力也毫无保留的被派出，彻底地将被称为“万恶的根源”的这个贾兹帝国歼灭。
回复 :令全世界为之疯狂的歌姬·乌塔。她的身世成谜，歌声却被誉为“来自别的次元”。而这次，她将举办演唱会并第一次露出庐山真面目。为了欣赏她的歌声，路飞率领的草帽一伙，以及各路海盗、海军、世界各地的歌迷都汇聚在会场之中。全世界备受瞩目的歌声即将在此回荡。而故事就在UTA是“杰克斯的女儿”这一令人震惊的发现中拉开帷幕！
回复 :突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。
