闇との決戦から二年。ブルードラゴンを失ったシュウは、上古神兵ブーケ、上古神兵レゴラスと共にレジスタンスを組織し、ロギ率いるローゼンクロイツといまなお戦っていた。そんなある日、突如空から謎の物体が降って来る。シュウとブーケが巨大なクレーターが出来た現場へと駆けつけると、そこにノイという少年が現れる。ノイは何故かシュウの事を影使いだと知っており、見下したような口調で「すぐに殺されてしまう」と告げる。そんな中、ノイを追うように巨大ドラゴンが現れ、突然、攻撃を仕掛けてくる。絶体絶命の危機。だがそのとき、ノイの能力によって、シュウの影から再びブルードラゴンが出現する。